Nos termos do protocolo assinado em 2021 entre a ULisboa e a Shanghai University (SHU) para a criação da ULisboa School, a principal estrutura de gestão é o Joint Management Committee, que inclui representantes das duas universidades.

A ULisboa School é dirigida por um Presidente (Dean), designado pela SHU, sendo um dos Vice-Presidentes (Deputy Dean) designado pela ULisboa. Os ciclos de estudo de licenciatura e mestrado possuem uma estrutura de coordenação que inclui representantes da ULisboa e da SHU.

A ULisboa School funciona no Baoshan Campus da SHU, em Xangai, onde têm lugar as aulas. Tanto os alunos da licenciatura como do mestrado devem frequentar um período de aulas em Lisboa.