O crescente acesso e disponibilidade de dados gerados por plataformas de Next Generation Sequencing tem vindo a permitir novas perspetivas acerca da patogenicidade, patofisiologia e disseminação de doenças de etiologia infeciosa. Tratando-se de um curso inicial de bioinformática aplicada ao estudo de diversos agentes patogénicos, incluindo a sua interação com o hospedeiro, o presente curso tem como principal objetivo abranger um amplo espectro de procedimentos analíticos que vão desde a introdução aos dados NGS, e respetivo controlo de qualidade, até aos estudos de associação genómica (Genome-Wide Association Studies) aplicados a diferentes agentes patogénicos. Pretende-se que através de uma abordagem essencialmente prática os participantes possam apreender os conceitos e fundamentos inerentes às diferentes fases analíticas. Tal, é fundamental para a tradução dos vastos conjuntos de dados gerados por este tipo de plataformas em informação biologicamente e epidemiologicamente relevante e, simultaneamente, consolidar de forma sistemática a base teórica dos mesmos.