O 3.º ciclo em Engenharia Física (EF) tem como principal objetivo formar profissionais com capacidade para realizar trabalho original de investigação e desenvolvimento em diferentes áreas da engenharia e tecnologias físicas, preparando-os para a resolução inovadora de problemas de Engenharia, cuja complexidade ou natureza exija conhecimentos fundamentais da Física, através de investigação e desenvolvimento de projetos em ciências aplicadas, incluindo a conceção e implementação de instrumentação ou tecnologia avançada, a realizar em contextos académicos ou empresariais.
Visa-se ainda o desenvolvimento de uma atitude científica e profissional qualificada e eticamente exemplar, através da formação em metodologias válidas de recolha de informação, métodos de investigação e de validação, comunicação científica especializada ou para a sociedade, bem como uma sensibilidade acrescida para as questões de valorização económica das tecnologias ou conhecimentos desenvolvidos