As condições gerais de acesso aos programas de doutoramento encontram-se regulamentadas por lei. A investigação em Engenharia Biomédica tem uma natureza profundamente interdisciplinar, de modo que não há restrições aos graus de 1º e 2º ciclo dos candidatos aos programas de doutoramento, embora estes graus sejam tendencialmente nas disciplinas de ciências ou engenharias. Os candidatos têm de submeter um programa de trabalhos e um CV, um conjunto de cartas de recomendação, e o orientador tem de ser do IST, podendo haver co-orientadores de outras instituições. A coordenação do programa doutoral analiza estes documentos e decide sobre a aceitação do candidato. Se necessário, é realizada uma entrevista. A coordenação poderá pedir esclarecimentos quer ao candidato, quer ao orientador, quer às pessoas que escreveram as cartas de referência, para avaliar da adequabilidade do candidato ao programa. Após a aceitação do candidato, este pode proceder à sua matrícula no programa de doutoramento.